Détail du poste
MISSIONS - Vos missions seront en lien avec l'IHU Everest, avec pour mission principale d'améliorer les pipelines de caractérisation des virus des hépatites B et D. - Adapter/modifier les pipelines développés en interne VirIONT en particulier, en fonction des nouveaux besoins. - De manière autonome, évaluer, choisir, adapter et implémenter les méthodes d'analyses répondant aux besoins biologiques. - Pouvoir participer à la gestion des pipelines d'analyse sous une forme souple, facilement maintenable et produisant des résultats reproductibles (Nextflow, Singularity). QUALIFICATIONS - Etre titulaire d'un diplôme en bio informatique ou biologie computationnelle ou génomique - Expérience d'analyse des données de NGS - Expérience préalable en analyse de données de séquençage bactérien, viral et fongique est fortement souhaitée. - Expérience de réponse aux besoins des non-initiés à la bio-informatique. COMPÉTENCES - Maîtrise des outils et environnements de bioinformatiques : langages de programmation(Unix, R, Python, bash, Nextflow), outils de traitement de séquences : (BWA, Bowtie2, SPAdes, FastQC, SAMtools, GATK..). - Formation en microbiologie en sus de la formation bio-informatique valorisée. - Connaissance des environnements de calcul scientifique et d'un ordonnanceur (OAR, SLURM.) appréciée. - Aptitudes à la rédaction de méthodes et d'articles scientifiques (français et anglais). - Connaissance en phylogénie et des bases de données publiques de génétique (RefSeq, Ensembl.) appréciée. SAVOIR-ÊTRE - Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles. - -Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe. - -Bonne maîtrise de l'anglais scientifique et technique.
- Salaire
- Salaire non précisé
- expérience
- 2 An(s) - BIOINFORMATIQUE
- Code ROME
- H1215
- Cléture
- Date non renseignée